D

A、酸雨直接危害植物的芽和叶，使农作物大幅度减产，严重时使成片的植物死亡，酸雨不但能够影响植物的生长，还腐蚀建筑物，故正确；
B、酸雨是由于人类大量使用煤、石油、天然气等化石燃料，燃烧后产生的硫氧化物或氮氧化物，在大气中经过复杂的化学反应后，形成硫酸或硝酸气溶胶，或为云、雨、雪、雾捕捉吸收，降到地面成为酸雨，工厂林立的城市和近郊由于使用煤、石油、天然气等化石燃料容易发生酸雨。正确；
C、酸雨危害水生生物，它使许多河、湖水质酸化，导致许多对酸敏感的水生生物种群灭绝，湖泊失去生态机能，最后变成死湖，威胁人们的健康，故正确；
D、机动车辆排放尾气中含有大量的有害物质，如二氧化硫、氮氧化合物等，它们是形成酸雨的主要原因，故错误。
故选：D。