D

$A$、波尔多液中含有硫酸铜，铁能与硫酸铜发生置换反应生成铜和硫酸亚铁，因此农药波尔多液不能用铁桶盛放，故$A$错误；
$B$、铵态氮肥与碱性物质混用会发生反应生成氨气，氨气逸出，会降低肥效，所以铵态氮肥不能与碱性物质混用，故$B$错误；
$C$、硝酸钾中含有氮、磷、钾三种元素中的钾元素和氮元素，属于复合肥，故$C$错误；
$D$、化肥的过度使用会引起土壤酸化、水体的富营养化，因此要合理使用化肥和农药，故$D$正确；
故选：$D$。