D

$A$、分子和原子都能直接构成物质，故选项错误；
$B$、分子、原子均是在不停运动的，故选项错误；
$C$、分子和原子不能比较大小，但由原子构成的分子，其一个分子比构成它的原子大，故选项错误；
$D$、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，故在化学变化中，分子可分，原子不可分，故选项正确；
故选：$D$。