（1）铅笔芯的主要成分是石墨，其化学式为$C$。
$(2)$植物光合作用的原料是二氧化碳和水，其化学式为$CO_{2}$、$H_{2}O$。
$(3)$煤气中毒的罪魁祸首是一氧化碳，其化学式为$CO$。
$(4)$能在氧气中燃烧产生有刺激性气味气体的物质是硫，其化学式为$S$。
$(5)$能用作保护气且在空气中占比最大的气体是氮气，其化学式为$N_{2}$。
$(6)$二氧化碳溶于水且和水反应生成碳酸，碳酸的化学式为$H_{2}CO_{3}$。
故答案为：
$(1)C$；
$(2)CO_{2}$、$H_{2}O$；
$(3)CO$；
$(4)S$；
$(5)N_{2}$；
$(6)H_{2}CO_{3}$。

（1）铅笔芯的主要成分是石墨，其化学式为$C$。
$(2)$植物光合作用的原料是二氧化碳和水，其化学式为$CO_{2}$、$H_{2}O$。
$(3)$煤气中毒的罪魁祸首是一氧化碳，其化学式为$CO$。
$(4)$能在氧气中燃烧产生有刺激性气味气体的物质是硫，其化学式为$S$。
$(5)$能用作保护气且在空气中占比最大的气体是氮气，其化学式为$N_{2}$。
$(6)$二氧化碳溶于水且和水反应生成碳酸，碳酸的化学式为$H_{2}CO_{3}$。
故答案为：
$(1)C$；
$(2)CO_{2}$、$H_{2}O$；
$(3)CO$；
$(4)S$；
$(5)N_{2}$；
$(6)H_{2}CO_{3}$。