D

$A$、农药的任意喷洒直接危害植物和土壤污染；
$B$、化肥的过量适用会使土地板结，起不到保护作用；
$C$、焚烧农作物秸秆会直接污染大气和土壤；
$D$、提倡使用农家肥料，限制使用化肥有利于保护土壤结构。
故选：$D$。