B

①测定空气中氧气含量的实验中不可以用木炭、硫等代替红磷，因为木炭、硫和氧气反应分别生成二氧化碳、二氧化硫气体，反应前后气压变化不大，无法测定空气中氧气含量，故选项说法错误；
②纯净物是由一种物质组成的物质，氧气、冰水共存物、高锰酸钾都是纯净物，故选项说法正确；
③催化剂的质量和化学性质在化学反应前后不发生变化，物理性质可能不变也可能改变，故选项说法错误；
④只由一种分子构成的物质只含有一种物质，一定是纯净物，故选项说法正确；
⑤根据质量守恒定律，化学反应前后，原子的种类不变，故选项说法正确；
⑥空气由氮气、氧气等物质组成，氮气由氮分子构成、氧气由氧分子构成，故选项说法错误；
⑦蜡烛燃烧时产生的黑烟是石蜡不完全燃烧产生的炭黑，故选项说法错误；
综上所述，说法正确的是：②④⑤；
故选：$B$。