B

$A$、某中学生的身高约$165cm$，故$A$不符合实际；
$B$、一支签字笔的长度约$13cm$，故$B$符合实际；
$C$、某八年级女生跑步的速度约$5m/s$，故$C$不符合实际；
$D$、石阡县夏季的最高气温可达$40^{\circ}\mathrm{C}$，故$D$不符合实际。
故选：$B$。