B

$A$、用煤炉取暖时，在炉子上放一盆水，不能预防一氧化碳中毒，因为一氧化碳难溶于水，故选项说法错误。
$B$、在书写具有保存价值的档案时，应使用碳素墨水笔，是因为碳素墨水中含有炭黑，炭黑的主要成分是碳，碳在常温下化学性质不活泼，故选项说法正确。
$C$、堆放杂物的纸箱着火，用水浇灭，是因为水汽化吸热，使温度降到着火点以下，故选项说法错误。
$D$、电子的质量很小，可以忽略不计，原子的质量主要集中在原子核上，原子核是由质子和中子构成的，故选项说法错误。
故选：$B$。