D

$A$.在原子中，质子数不一定等于中子数，故错误；
$B$.单质中元素的化合价为$0$，氢气属于单质，氢元素的化合价为$0$，故错误；
$C$.硝酸铵$(NH_{4}NO_{3})$中铵根显$+1$价，氢元素显$+1$价，设铵根中氮元素的化合价是$x$，由原子团中元素的化合价代数和等于原子团的化合价，可得：$x+\left(+1\right)\times 4=+1$，则$x=-3$价。硝酸根显$-1$价，氧元素显$-2$价，设硝酸根中氮元素的化合价是$y$，由原子团中元素的化合价代数和等于原子团的化合价，可得：$y+\left(-2\right)\times 3=-1$，则$y=+5$价；故错误；
$D$.在化学变化中，分子可分，而原子不能再分，原子是化学变化中的最小粒子，故正确。
故选：$D$。