B

$A$.由甲酸的化学式可知，它是由碳、氢、氧三种元素组成的纯净物，属于化合物，故正确；
$B$.甲酸是由甲酸分子构成的，不含氧分子，故错误；
$C$.甲酸是由碳、氢、氧三种元素组成的，故正确；
$D.1$个甲酸分子是由$1$个碳原子、$2$个氢原子、$2$个氧原子构成的，则$1$个甲酸分子中含有$5$个原子，故正确。
故选：$B$。