（1）过滤可除去水中的不溶性杂质，所以要将固体和液体分开，用的是过滤的方法，所以操作①是过滤，过滤用到的玻璃仪器有烧杯、玻璃棒、漏斗；
$(2)$经操作①后所得液体$B$依然浑浊，可能是滤纸破了或者液面高于滤纸的边缘，下方烧杯不干净；
$(3)$活性炭有吸附作用，可除去水中异味和色素。
故答案为：（1）烧杯、玻璃棒、漏斗；
$(2)$滤纸破损（或下方烧杯不干净、滤液高于滤纸边缘）；
$(3)$除去水中异味和色素。

（1）过滤可除去水中的不溶性杂质，所以要将固体和液体分开，用的是过滤的方法，所以操作①是过滤，过滤用到的玻璃仪器有烧杯、玻璃棒、漏斗；
$(2)$经操作①后所得液体$B$依然浑浊，可能是滤纸破了或者液面高于滤纸的边缘，下方烧杯不干净；
$(3)$活性炭有吸附作用，可除去水中异味和色素。
故答案为：（1）烧杯、玻璃棒、漏斗；
$(2)$滤纸破损（或下方烧杯不干净、滤液高于滤纸边缘）；
$(3)$除去水中异味和色素。