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【解析】元朝时，中央政府设置澎湖巡检司，管辖澎湖列岛、琉球及其附属岛屿，琉球就是今天的台湾，这是历史上中央政府首次在台湾地区正式建立的行政机构。C项正确；230年，孙权派将军卫温率领船队到达夷洲，加强了大陆与台湾的联系，排除A项；隋朝和清朝与题干内容不符，排除BD项。
故选：C。