C

【解析】根据题干信息“自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者，多有小人专权乱政”可知，朱元璋认为丞相专权乱政，导致政局不稳。鉴于此，他采取的措施是废除丞相，权分六部，C项正确；材料内容说的是丞相专权乱政，设“三司”加强了对地方上的控制，与题干材料不符，排除A项；设立厂卫特务机构是皇权高度集中的一种表现形式，与材料内容不符，排除B项；明成祖朱棣时内阁制正式确立，排除D项。
故选：C。