B

【解析】清朝设置伊犁将军，管辖包括巴勒喀什池在内的整个新疆地区。清军驻扎新疆各部，设置哨所，加强了对西北地区的管辖。故B正确；西域都护是西汉设立的，排除A；北庭都元帅府是元朝设立的，排除C；驻藏大臣是清朝为加强对西藏地区的管辖设立的，排除D。
故选：B。