A

A．大肠杆菌常用于转基因生产，青霉素等抗生素主要是通过霉菌如青霉菌生产的，A错误。
B．甲烷细菌（如甲烷菌）能够分解有机物质产生甲烷气体，这是一种重要的清洁能源，B正确。
C．根瘤菌能够固定大气中的氮气，转化为植物可利用的含氮无机盐，从而与豆科植物形成共生关系，C正确。
D．苏云金杆菌可形成芽孢和伴胞晶体，伴胞晶体是一种毒性很强的蛋白质晶体，能使某些害虫瘫痪致死。芽孢能通过昆虫破损的消化道进入血液，在血液中大量繁殖，使害虫死亡，可制成杀虫剂防治农业害虫，D正确。
故选：A。