B

①$1-60\%=40\%$，则一个书包打六折出售，就是便宜了$40\%$，则原题说法错误，符合题意；
②把一个正方形按$1:3$缩小后，边长缩小到原来的$\frac{1}{3}$，面积缩小到原来的$\frac{1}{9}$，则原题说法错误，符合题意；
③直线外一点与直线上各点连接的所有线段中，垂线段最短，则原题说法正确，不符合题意；
④$2+3=5cm$，则用三根长度分别为$2cm$、$3cm$、$5cm$的小棒不能拼成一个三角形，则原题说法错误，符合题意；
综上，错误的符合题意的有$3$个.
故选：$B$.